หลังจาก อีโอบาร์ด ธอว์น และเหล่าวายร้าย Legion of Doom ได้พ่ายแพ้ไปแล้ว ในคราวนี้พลพรรค Legends ต้องเผชิญกับเหตุไม่คาดฝัน อันเป็นผลกระทบจากสิ่งที่เกิดขึ้นในตอนท้ายซีซั่น 2 ขณะเดียวกันการย้อนอดีตกลับไปยังเหตุการณ์ที่เคยเกิดขึ้น ทำให้ไทม์ไลน์แตกหักและทำให้ยุคสมัยสลับกันผิดเพี้ยน คน สัตว์ สิ่งของ ในห้วงเวลา กระจัดกระจายกันมั่วไปหมด ทีม Legends จำเป็นต้องหาทางแก้ไขไทม์ไลน์กลับไปเป็นเหมือนเดิม ก่อนที่ห้วงกาลเวลาจะพังทลายลง